ECLI:CZ:US:2009:2.US.1464.07.1
sp. zn. II. ÚS 1464/07
Nález
Nález Ústavního soudu - II. senátu složeného z předsedy senátu Stanislava Balíka a soudců Dagmar Lastovecké a Jiřího Nykodýma - ze dne 21. dubna 2009 sp. zn. II. ÚS 1464/07 ve věci ústavní stížnosti HMB, spol. s r. o., se sídlem Čelákovice, U Učiliště 1644, proti rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 22. 2. 2007 č. j. 7 Afs 63/2006-90, rozsudku Městského soudu v Praze ze dne 15. 12. 2005 sp. zn. 6 Ca 246/2004, rozhodnutí Finančního ředitelství v Praze ze dne 31. 12 2003 č. j. 11784/03-130 a dodatečnému platebnímu výměru Finančního úřadu v Brandýse nad Labem - Staré Boleslavi ze dne 18. 12. 2002 č. j. 55217/02/057921/1555, kterými bylo rozhodnuto ve věci doměření daně z přidané hodnoty stěžovatelce.
Výrok
I. Rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 22. února 2007 č. j. 7 Afs 63/2006-90 se ruší.
II. Ve zbývajícím rozsahu se návrh zamítá.
Odůvodnění:
Stěžovatelka se s odvoláním na porušení čl. 2, čl. 4, čl. 11 odst. 5, čl. 36, čl. 37 odst. 3 a čl. 38 odst. 2 Listiny základních práv a svobod, čl. 1, čl. 2 odst. 3, čl. 4 a čl. 6 odst. 1 Úmluvy o ochraně lidských práv a základních svobod domáhá zrušení v záhlaví uvedených rozhodnutí.
Z obsahu ústavní stížnosti a připojených spisů Městského soudu v Praze a Nejvyššího správního soudu Ústavní soud zjistil tyto skutkové a právní okolnosti případu:
Dodatečným platebním výměrem Finančního úřadu v Brandýse nad Labem - Staré Boleslavi byla stěžovatelce na základě daňové kontroly, zahájené dne 19. 7. 1999, doměřena DPH za měsíc říjen 1998 ve výši 614 518 Kč. Odvolání stěžovatelky bylo rozhodnutím Finančního ředitelství v Praze zamítnuto, Městským soudem v Praze byla zamítnuta správní žaloba stěžovatelky proti rozhodnutí finančního ředitelství. Městský soud dospěl k závěru, že stěžovatelka neunesla důkazní břemeno, protože neprokázala nárok na odpočet daně z přidané hodnoty, a ani neshledal, že by rozhodnutími finančních orgánů byla porušena práva stěžovatelky nebo že by řízení předcházející vydání rozhodnutí vykazovalo vady, které by mohly mít za následek nezákonnost rozhodnutí ve věci samé. Nejvyšší správní soud se se závěry městského soudu ztotožnil a námitky stěžovatelky uplatněné v kasační stížnosti neshledal důvodnými. K námitkám, které stěžovatelka neuplatnila v řízení u městského soudu, a námitkám, které uplatnila až v doplnění kasační stížnosti, mezi něž patří i námitka týkající se běhu prekluzívní lhůty, Nejvyšší správní soud uvedl, že se jimi nemohl s ohledem na nutnost dodržení rámce stanoveného v ustanovení §104 odst. 4 nebo §109 s. ř. s. a uplynutí lhůty podle §106 odst. 2 s. ř. s. zabývat.
Stěžovatelka v ústavní stížnosti namítá, že původním rozhodnutím finančního úřadu byla dodatečná daň pravomocně doměřena až po uplynutí zákonem určené prekluzívní lhůty zakotvené v §47 odst. 1 zákona č. 337/1992 Sb., o správě daní a poplatků, v tehdy platném znění, (dále jen "daňový řád"). Daňová kontrola byla zahájena dne 19. 7. 1999, přičemž její zahájení bylo posledním úkonem, kterým mohl být přerušen běh tříleté prekluzívní lhůty dle uvedeného ustanovení. Lhůta podle §47 odst 2 daňového řádu tak uplynula dne 31. 12. 2002, platební výměr ze dne 18. 12. 2002 však nabyl právní moci až dne 31. 12. 2003 (v této souvislosti poukazuje na rozhodnutí Nejvyššího správního soudu sp. zn. 2 Afs 52/2005 a 2 Afs 69/2004). Doměřením daně po uplynutí prekluzívní lhůty v rozporu se závazným právním předpisem došlo k porušení principu právní jistoty majícímu za následek zásah do práva vlastnit majetek. K námitce prekluze měl Nejvyšší správní soud přihlédnout z úřední povinnosti, přestože byla vznesena až v doplnění kasační stížnosti (důvodem byla změna judikatury Nejvyššího správního soudu, který dovodil, že rozhodnutí o doměření daně musí být ve lhůtě nejen doručeno, ale i nabýt právní moci). Paušální odmítnutí argumentace stěžovatelky s odkazem na ustanovení o koncentraci řízení, aniž by se zohlednily okolnosti případu, vede k nepřiměřenému formalismu a porušení práva na spravedlivý proces. Jestliže ze strany Nejvyššího správního soudu došlo ke změně výkladu oproti výkladu předchozímu, která byla vyvolána potřebou ochrany ústavních práv daňového subjektu, nelze odkazem na koncentraci řízení bránit tomu, aby nová judikatura nebyla zohledněna i v dosud neskončených řízeních.
Stěžovatelka dále v ústavní stížnosti rozvádí konkrétní výtky směřující proti závěru o neunesení důkazního břemene, způsobu provádění dokazování a nerespektování procesních postupů ze strany správce daně.
V doplnění ústavní stížnosti ze dne 13. 8 2008 stěžovatelka odkázala na nález Ústavního soudu ze dne 1. července 2008 sp. zn. III. ÚS 1420/07 (N 117/50 SbNU 3) týkající se jiného, identického návrhu stěžovatelky, v němž bylo její ústavní stížnosti vyhověno.
Nejvyšší správní soud ve vyjádření k ústavní stížnosti odkázal na odůvodnění napadeného rozhodnutí a podrobně se vyjádřil k otázce prekluze. Po nejednotném rozhodování této otázky se jí zabýval rozšířený senát Nejvyššího správního soudu, který v usnesení ze dne 23. 10. 2007 č. j. 9 Afs 86/2007-161 vyslovil, že: "... vyměření daně nebo doměření daně či přiznání nároku na daňový odpočet po uplynutí lhůty stanovené v §47 daňového řádu je nezákonným rozhodnutím. K zániku práva ... soud přihlédne jen k námitce účastníka řízení.". Ve vyjádření se dále zabýval judikaturou Ústavního soudu k dané otázce [usnesení sp. zn. I. ÚS 686/06 a I. ÚS 355/05 (ve Sbírce nálezů a usnesení Ústavního soudu nepublikována, dostupná na http://nalus.usoud.cz), nález sp. zn. IV. ÚS 545/07 (N 113/46 SbNU 77)], přičemž dospěl k závěru, že rozhodnutí Ústavního soudu nepředstavují ucelenou, konzistentní a bezrozpornou judikaturu ke sporné právní otázce, kterou by se měl rozšířený senát v projednávané věci řídit. Nejvyšší správní soud proto setrvává na svém názoru, dle něhož vyměření daně po uplynutí prekluzívní lhůty stanovené v §47 odst. 2 daňového řádu nezpůsobuje nicotnost rozhodnutí, ale jeho nezákonnost, kterou soud zkoumá jen k námitce účastníka řízení uplatněné v žalobě. Nelze tedy přezkoumávat celý správní akt z úřední povinnosti, ale je třeba ctít dispoziční zásadu, ze které soudní řád správní stanoví výjimku jen v případě nicotnosti rozhodnutí.
Městský soud ve vyjádření k ústavní stížnosti odkázal na odůvodnění rozhodnutí. Otázkou prekluze se soud nezabýval, neboť taková námitka nebyla ve správní žalobě vznesena a soud není povinen sám z úřední povinnosti zjišťovat, zda lhůta pro vyměření daně byla správcem daně dodržena. Odkázal na následnou judikaturu Nejvyššího správního soudu - usnesení rozšířeného senátu č. j. 9 Afs 86/2007-161, podle kterého soud k zániku práva vyměřit či doměřit daň přihlédne jen k námitce účastníka řízení.
V replice k vyjádření účastníků stěžovatelka uvedla, že skutečnost, že řízení před správními soudy je řízením přezkumným, nevylučuje možnost přihlédnout k prekluzi z úřední moci ani nevyžaduje přezkum celého správního aktu. Nejvyšší správní soud přehlíží, že daňové řízení je řízení vrchnostenské, kde nevystupují účastníci s rovnými právy. Přestože se klade důraz na zákonnost řízení a je to povinností finančních orgánů, lze jen těžko očekávat, že finanční orgány hájící zájmy rozpočtu budou samy zkoumat prekluzi, k níž dochází v důsledku jejich nečinnosti. Stěžovatelka je přesvědčena o správnosti předchozí judikatury Ústavního soudu.
Podle ustanovení §44 odst. 2 zákona č. 182/1993 Sb., o Ústavním soudu, může Ústavní soud se souhlasem účastníků upustit od ústního jednání, nelze-li od tohoto jednání očekávat další objasnění věci. Vzhledem k souhlasu účastníků rozhodoval Ústavní soud ve věci bez nařízení ústního jednání.
Poté, co Ústavní soud konstatoval, že ústavní stížnost je přípustná, je podána včas a splňuje ostatní náležitosti vyžadované zákonem [§30 odst. 1, §72 odst. 1 písm. a) zákona č. 182/1993 Sb., o Ústavním soudu, ve znění pozdějších předpisů, (dále jen "zákon o Ústavním soudu")], přistoupil k jejímu meritornímu projednání, přičemž ústavní stížnost posuzoval z hlediska kompetencí daných mu Ústavou, tj. z pozice soudního orgánu ochrany ústavnosti, který není další instancí v systému všeobecného soudnictví, není soudem nadřízeným obecným soudům a obdobně orgánům veřejné moci a jako takový je oprávněn do jejich rozhodovací pravomoci zasahovat pouze za předpokladu, že nepostupují v souladu s principy obsaženými v hlavě páté Listiny. S ohledem na zjištěné skutečnosti dospěl k závěru, že právě k výše uvedenému porušení principů obsažených v Listině, opravňujícímu zásah Ústavního soudu, došlo.
Ústavní soud předesílá, že ústavní stížností téže stěžovatelky, obsahující obdobnou skutkovou i právní argumentaci, jejíž podstatou byla otázka, zda je soud povinen přihlížet k prekluzi z úřední moci a zda daná otázka byla závazným způsobem vyřešena předchozí judikaturou Ústavního soudu, se již zabýval ve svých nálezech sp. zn. III. ÚS 1420/07 (viz výše), sp. zn. IV. ÚS 816/07 (N 39/52 SbNU 399), sp. zn. II. ÚS 1416/07 (N 17/52 SbNU 173) a sp. zn. I. ÚS 1169/07 (N 38/52 SbNU 387), přičemž od závěrů zde uvedených nemá důvod se odchylovat, na tyto závěry odkazuje a shodně uvádí.
Argumenty, na nichž je závěr o nutnosti namítnout prekluzi práva na doměření daně postaven, se opírají výlučně o text soudního řádu správního a přehlížejí širší souvislosti, plynoucí ze systémové povahy práva, jakož i východiska, na nichž je postavena dispoziční zásada.
V nálezu sp. zn. I. ÚS 1169/07 Ústavní soud uvedl, že stejné právní instituty mohou náležet do několika různých právních odvětví. Každý právní institut ovlivňuje právní odvětví, jehož je součástí, avšak na druhou stranu toto právní odvětví přizpůsobuje právní institut svým funkcím a své povaze. Proto se může institut, uplatňující se v různých odvětvích, obsahově odlišovat; nemůže však jít o odlišnosti natolik velké, aby tím byly popřeny základní pojmové znaky konkrétního právního institutu, neboť pak by samozřejmě nešlo o ten samý, ale o jiný právní institut.
Uvedené platí i pro prekluzi. Institut prekluze využívají prakticky všechna odvětví právního řádu. Lze se s ním setkat v právu soukromém, ale též v právu veřejném. Předmětem prekluze může být nejen majetkové právo, ale též možnost učinit určitý procesní úkon (v této souvislosti se používají prekluzívní lhůty za účelem zavedení určitých prvků koncentrace řízení). Ze širokého zastoupení prekluze v různých právních odvětvích vyplývají také samozřejmé obsahové rozdíly; přesto však vždy zůstávají určité znaky společné, bez nichž by již nebylo možno o prekluzi vůbec hovořit. Mezi ně lze v prvé řadě počítat konstrukci prekluze, založenou na dvou právních skutečnostech: na uplynutí doby a na neuplatnění práva v této době. Důsledkem prekluze je dále vždy zánik samotného subjektivního práva. Konečně za společný rys prekluze lze považovat i to, že k ní má orgán veřejné moci přihlížet z úřední povinnosti; tento požadavek je logickým důsledkem závažnosti následků, které jsou s prekluzí spojeny. Účelem jakéhokoliv procesu nikdy není ochrana neexistujících či fiktivních práv, a proto nelze prekludovanému právu poskytovat ochranu.
Ohledně povahy lhůty k vyměření nebo doměření daně podle §47 daňového řádu se judikatura shoduje na závěru o její prekluzívní povaze (včetně shora citovaného rozhodnutí rozšířeného senátu Nejvyššího správního soudu), což odpovídá i důvodové zprávě k tomuto ustanovení. Jde-li o lhůtu prekluzívní, pak je nutno trvat na požadavku uplatnění shora uvedených pojmových znaků prekluze, samozřejmě nejsou-li omezeny či modifikovány zákonem nebo povahou práva na vyměření či doměření daně.
Pro takový závěr však daňový řád ani povaha práva na vyměření nebo doměření daně jako subjektivního veřejného práva státu vůči daňovému subjektu neposkytují žádnou oporu: Daňový řád sice institut prekluze využívá, avšak neobsahuje žádné ustanovení, které by jej regulovalo odchylně od shora uvedených podstatných znaků; naopak kupř. z §70 odst. 3 daňového řádu, jenž stanovuje nutnost vznést námitku pouze u promlčení práva vybrat a vymáhat daňový nedoplatek, a nikoliv též u prekluze práva na vyměření či doměření daně, lze dovozovat, že zákonodárce respektoval shora vyloženou podstatu prekluze.
Nelze se rovněž domnívat, že by povaha práva na vyměření či doměření daně coby subjektivního veřejného práva státu vůči daňovému subjektu měla vylučovat či modifikovat shora vyloženou konstrukci, za níž k prekluzi dochází (uplynutí lhůty a neuplatnění práva), následky prekluze v podobě zániku samotného práva, či dokonce povinnost přihlížet k ní z úřední povinnosti (závěr, že k prekluzi soukromého práva se přihlíží ex offo, zatímco k prekluzi veřejného práva nikoliv, je zjevně absurdní a neodpovídající povaze těchto práv).
Lze tedy usuzovat, že k prekluzi subjektivního veřejného práva státu na vyměření či doměření daně podle §47 daňového řádu dochází marným uplynutím tam uvedené lhůty. Následkem je zánik samotného subjektivního práva, přičemž k tomuto následku se přihlíží z úřední povinnosti.
Z odůvodnění shora citovaného rozhodnutí rozšířeného senátu je zřejmé, že Nejvyšší správní soud tyto závěry respektuje pouze zčásti. Připouští, že správce daně má k prekluzi práva na vyměření nebo doměření daně přihlížet z úřední povinnosti, neukládá však tutéž povinnost soudu jednajícímu a rozhodujícímu ve správním soudnictví, neboť takovému závěru údajně brání dispoziční zásada, mj. vyjádřená v §75 s. ř. s., a přezkumná povaha řízení.
S takovým pojetím prekluze však nelze souhlasit, neboť ze samotného pojmu prekluze vyplývá, že je nutno k ní přihlížet z úřední povinnosti před jakýmkoliv orgánem veřejné moci, tedy rovněž v řízení soudním. Tomu nebrání ani přezkumná povaha řízení ani dispoziční zásada.
Sám argument, že v řízení o žalobě proti rozhodnutí správního orgánu jde o přezkum napadeného rozhodnutí, a nikoliv o nalézací řízení, ještě nijak nevypovídá o mezích tohoto přezkumu; to je otázka další, která s hranicemi přezkumné činnosti bezprostředně nesouvisí. Nelze pouštět ze zřetele ani fakt, že řízení o žalobě proti rozhodnutí správního orgánu není ve vztahu k předcházejícímu daňovému řízení opravným řízením; jde o primární poskytování soudní ochrany subjektivním veřejným právům v první instanci.
Ohledně dispoziční zásady je nutno podotknout, že ta se - právě proto, že má povahu zásady - nikdy neuplatňuje metodou "všechno nebo nic". V žádném procesu v kterémkoli státě se neuplatňuje dispoziční zásada ve své ryzí podobě, ale vždy s většími či menšími modifikacemi. Míra těchto modifikací závisí na povaze subjektivních práv, jimž se má v daném procesu poskytovat ochrana; to je samozřejmé, neboť má-li procesní právo náležitě plnit svoji ochrannou funkci, musí se přizpůsobovat předmětu, jemuž ochranu poskytuje. Z tohoto hlediska je nepochybné, že nejdůsledněji se dispoziční zásada prosazuje v civilním sporném řízení, v němž představuje specifické promítnutí soukromoprávní autonomie vůle do oblasti procesu.
Přilíží-li k těmto okolnostem ex offo soud v civilním řízení soudním, tím spíše k nim musí přihlížet z úřední povinnosti i soud projednávající věc v režimu správního soudnictví. Civilní spor i správní soudnictví mají sice společný základní strukturní princip - systém dvou stran v kontradiktorním postavení, jenž také vyvolává řadu objektivně společných rysů (bez ohledu na deformace v platné právní úpravě), avšak nelze ani přehlížet objektivní rozdíly, jež mezi nimi panují. Tyto odlišnosti vyplývají z jiného předmětu ochrany, jimž se každý z těchto procesů zákonitě přizpůsobuje: v civilním sporu soud poskytuje ochranu subjektivním právům soukromým, ve správním soudnictví subjektivním právům veřejným. Takto vymezený rozdíl v předmětu ochrany zjevně nemůže odůvodnit závěr, že ve správním soudnictví se k prekluzi přihlíží jenom k námitce, a nikoliv z úřední povinnosti, neboť vlastně stojí na absurdním východisku, neodpovídajícím povaze subjektivních práv, jimž je poskytována ochrana: ve správním soudnictví, v němž se projednávají věci veřejnoprávní povahy, by měla být dispoziční zásada prosazena daleko důsledněji než v civilním sporném procesu, v němž se poskytuje ochrana soukromoprávním vztahům, typickým daleko větší měrou volného chování subjektů. Rozdíly v předmětu ochrany tedy vedou k závěru právě opačnému, než činí Nejvyšší správní soud v citovaném rozhodnutí rozšířeného senátu (dalším důsledkem je mj. to, že správní soudnictví není postaveno na projednací, ale vyšetřovací zásadě atd.).
Ústavní soud považuje za nutné poukázat rovněž na fakt, že zatímco u prekluze rozhodnutí rozšířeného senátu tvrdošíjně popírá princip, podle něhož k prekluzi soud přihlíží z úřední povinnosti, u absolutní neplatnosti povinnost soudu - dovozovanou teorií i praxí - přihlížet k ní ex offo správně respektuje (např. v rozsudku ze dne 22. 2. 2006 č. j. 1 Afs 157/2004-70).
Větu první §75 odst. 2 s. ř. s. tak nelze interpretovat doslovně, ale restriktivně. Vázanost soudního přezkumu na žalobní body je zásadně správná, avšak nelze ji absolutizovat. Sám Nejvyšší správní soud i bez výslovné zákonné opory svou judikaturou učinil celou řadu výjimek z tohoto pravidla (jejichž rozsah je po pravdě poněkud větší, než připouští odůvodnění rozšířeného senátu), a nelze proti tomu nic namítat. Uplatnění dispoziční zásady ve správním soudnictví nemůže být v rozporu s povahou práv, jimž je poskytována ochrana, a konečně se samotným účelem řízení, jímž je spravedlivá ochrana skutečných subjektivních veřejných práv; v tomto smyslu je nutno interpretovat i jednotlivá ustanovení s. ř. s., v nichž se dispoziční zásada promítá.
Pokud zákonodárce koncentroval řízení tím, že stanovil lhůtu k podání správní žaloby v délce dvou měsíců (§72 odst. 1 s. ř. s.), přičemž v uvedené lhůtě musí být předloženy veškeré žalobní body (§75 odst. 2 s. ř. s.), učinil tak s ohledem na efektivnost soudního řízení, v němž na jedné straně stojí stát, a bylo tedy možno předpokládat, že jeho rozhodovací činnost, napadená právě správní žalobou, bude prosta zásadního pochybení, jakým je právě prekluze práva.
V řízení o žalobě proti rozhodnutí správního orgánu je povinností soudu přihlížet z úřední povinnosti k takovým skutečnostem významným z hlediska hmotného práva, jakými jsou absolutní neplatnost smlouvy nebo prekluze, a to i v případě, že je žalobce nevytkl v žalobním bodu vůbec nebo tak učinil až po lhůtě pro podání žaloby. Tento závěr platí i pro prekluzi práva státu na vyměření nebo doměření daně: uplyne-li lhůta uvedená v §47 daňového řádu, aniž v ní byla daň pravomocně (viz citované rozhodnutí rozšířeného senátu) vyměřena či doměřena, zaniká tím subjektivní veřejné právo státu daň vyměřit či doměřit. K zániku tohoto práva se přihlíží z úřední povinnosti nejen v daňovém řízení, ale též v rámci soudního přezkumu rozhodnutí v řízení před správními soudy. Soud je povinen zabývat se tím, zda daň nebyla vyměřena či doměřena, přestože právo státu k tomu již zaniklo; pokud se tak stalo, musí rozhodnutí pro nezákonnost zrušit a vrátit věc správnímu orgánu k dalšímu řízení. Pokud žalobce prekluzi nenamítal a soud poté, co se touto otázkou - jak bylo jeho povinností - zabýval, dospěl k závěru, že k prekluzi nedošlo, není nutné, aby se otázkou prekluze výslovně zaměstnával v odůvodnění svého rozhodnutí (tj. platí zde obdobný postup, jaký byl shora popsán u zkoumání absolutní neplatnosti nebo jako v rozhodnutí č. 319/2004 Sb. NSS u nicotnosti). Nenamítal-li žalobce prekluzi práva vyměřit nebo doměřit daň v řízení před krajským soudem, vyhoví Nejvyšší správní soud kasační stížnosti (k námitce nebo z úřední povinnosti), pokud k prekluzi tohoto práva skutečně došlo.
Pojem "prekluze" vyjadřuje stav, kdy v důsledku plynutí času nějaké právo zaniklo. Na rozdíl od toho pojmem "promlčení" se rozumí situace, kdy zaniká pouze možnost vymáhat plnění, ale pokud přesto dlužník plní, jedná se o plnění v souladu se zákonem. V případě prekluze nemá plnění dlužníka po uplynutí prekluzívní lhůty zákonnou oporu a pro věřitele znamená bezdůvodné obohacení. Pokud věřitel plnění příjme, může se dlužník domáhat jeho navrácení. I z tohoto hlediska je třeba na otázku prekluze nahlížet a zabývat se jí z úřední povinnosti nejen v řízení před správními orgány, ale i soudy ve správním soudnictví. V oblasti správy daní by pominutí uvedeného přístupu mohlo vést nikoliv k efektivnímu ukončení řízení, ale k následnému soudnímu řízení o vydání bezdůvodného obohacení.
Ústavní soud považuje za nezbytné se vyjádřit i k názoru Nejvyššího správního soudu, dle něhož judikatura Ústavního soudu je přes nález sp. zn. IV. ÚS 545/07 (viz výše) vzhledem k předcházejícím odmítavým usnesením sp. zn. I. ÚS 355/05 a I. ÚS 668/06 (ve Sbírce nálezů a usnesení Ústavního soudu nepublikována, dostupná na http://nalus.usoud.cz) nejednotná.
V této souvislosti Ústavní soud poukazuje mimo již zmíněné nálezy sp. zn. IV. ÚS 545/07 a III. ÚS 1420/07, z nichž jednoznačně vyplývá závěr, dle něhož je nutné k otázce prekluze přihlédnout ex offo, i na nález ze dne 4. září 2000 sp. zn. IV. ÚS 146/99 (N 127/19 SbNU 181), v němž dospěl k závěru, "... že pokud speciální zákon výslovně stanoví, že k určité skutečnosti se přihlédne i bez návrhu, stíhá tato povinnost nejen správní orgán, ale i správní soud.". Rovněž poukazuje na nález sp. zn. Pl. ÚS 12/99 (N 98/18 SbNU 355; 232/2000 Sb.), v němž mimo jiné uvedl, "... že každé ustanovení, které tím, že formalizuje řízení ve správním soudnictví, stanoví de facto meze přístupu k soudu, tedy meze jednoho ze základních ústavních práv - práva na soudní ochranu. Všechna taková ustanovení je proto nezbytné vykládat v duchu čl. 4 odst. 4 Listiny, tedy při aplikaci takových ustanovení šetřit podstatu a smysl základních práv a svobod. Jinak řečeno, existuje nepochybně více situací než jen nulita správního aktu, které bude muset vzít správní soud na zřetel i bez návrhu, resp. na základě pozdního upozornění, tedy ex officio nebo spíše, lépe vyjádřeno - ex aequo et bono.". Ústavní soud v tomto nálezu vyjádřil předpoklad, že judikatura správních soudů se bude v naznačeném směru vyvíjet.
Ústavní soud dodává, že dvě odlišná odmítavá usnesení, předcházející nálezu sp. zn. IV. ÚS 545/07, byla vydána již za existence Nejvyššího správního soudu; v jejich odůvodnění Ústavní soud zdůraznil postavení Ústavního soudu, který není primárně povolán k výkladu právních předpisů v oblasti veřejné správy, nýbrž ex constitutione k ochraně práv a svobod zaručených ústavním pořádkem České republiky. V oblasti výkladu podústavního práva je právě Nejvyšší správní soud tím orgánem, jemuž přísluší sjednocovat judikaturu správních soudů. Ústavní soud tedy respektoval judikatorní činnost Nejvyššího správního soudu, která převážně chápala prekluzi práva jako vadu, jíž by se měl zabývat i bez návrhu. Nejednotnost rozhodování Nejvyššího správního soudu a postup v rozporu s čl. 4 Ústavy vedly k vydání nálezu sp. zn. IV. ÚS 545/07, neboť bylo potřeba jednoznačně deklarovat zásadní význam prekluze pro rozhodovací činnost ve správním řízení i soudnictví. Jak je patrné, ani tento nález ani usnesení rozšířeného senátu 9 Afs 84/2007 však nepřinesly sjednocení postupu. Ústavní soud poukazuje na existenci rozhodnutí Nejvyššího správního soudu, která, ač vydána po citovaném usnesení rozšířeného senátu, dospěla k opačnému závěru, než jaký byl přijat rozšířeným senátem Nejvyššího správního soudu (... k případné prekluzi práva musí být přihlíženo ex officio, a to nejen v rámci daňového řízení - sp. zn. 8 Afs 95/2005, ... prekluzívní lhůty se není třeba dovolat - sp. zn. 4 Ads 11/2007).
Nelze tedy přijmout názor Nejvyššího správního soudu, že judikatura Ústavního soudu vztahující se k dané problematice není konzistentní. Nejvyšší správní soud, který se odmítl námitkou prekluze práva vyměřit nebo doměřit daň zabývat, nerespektoval shora vyložené závěry o podstatě prekluze a o způsobu, jakým má být i v řízení před správními soudy zkoumána, které již byly závazně vyjádřeny v předchozích nálezech Ústavního soudu, čímž došlo k porušení práva chráněného čl. 36 odst. 1 Listiny.
S ohledem na uvedené skutečnosti Ústavní soud dle ustanovení §82 odst. 3 písm. a) zákona o Ústavnímu soudu zrušil rozhodnutí Nejvyššího správního soudu, jak je ve výroku uvedeno. Ve zbylém rozsahu, v části směřující proti ostatním rozhodnutím orgánů veřejné moci, Ústavní soud stížnost zamítl (§82 odst. 1 zákona o Ústavním soudu) na základě principu subsidiarity (plynoucího z §75 odst. 1 zákona o Ústavním soudu). Zamítl-li totiž Nejvyšší správní soud zrušeným rozsudkem kasační stížnost, aniž by zohlednil relevantní aspekt spočívající v povinnosti přihlédnout k námitce prekluze práva ex offo, resp. podrobit ji svému posouzení, svědčí mu nyní povinnost se touto námitkou řádně zabývat. V této souvislosti Ústavní soud dále konstatuje, že Nejvyšší správní soud je v rozhodované věci stěžovatelky vázán právním názorem Ústavního soudu a v souvislosti s tím by měl pro futuro provést i změnu své judikatury odporující výše zmíněné judikatuře Ústavního soudu.